Gỡ nút thắt về thuế và hải quan cho doanh nghiệp lúa gạo, thủy sản

Tại hội nghị, nhiều doanh nghiệp đã phản ánh những vướng mắc liên quan đến kê khai thuế, căn cứ pháp lý tính thuế suất, chứng từ khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng (VAT) và thanh toán không dùng tiền mặt; trong đó, vấn đề nổi cộm được quan tâm là các rào cản từ thủ tục liên doanh lỗi thời.

Gian truân "khai tử" mã số thuế liên doanh cũ

Ông Phạm Thái Bình, Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Nông nghiệp Công nghệ cao Trung An (Công ty Trung An) cho biết doanh nghiệp từng liên doanh với hai thương nhân tại Đức. Dù các liên doanh này đã ngừng hoạt động từ giai đoạn 2010 – 2012 và một trong hai đối tác đã bị Tòa án nhân dân TP.HCM ra bản án phúc thẩm tuyên hủy tư cách tồn tại từ nhiều năm trước nhưng do những quy định cũ trên hệ thống quản lý, Công ty Trung An vẫn liên tục bị ràng buộc trách nhiệm và phải thực hiện các thủ tục hành chính liên quan. Nút thắt kéo dài này đang gây ảnh hưởng trực tiếp đến nguồn thu nhập cũng như các hoạt động liên doanh, liên kết khác của doanh nghiệp. Trước thực trạng đó, ông Bình kiến nghị Thuế TP. Cần Thơ chủ trì, phối hợp với Sở Tài chính địa phương và Bộ Tài chính để có hướng dẫn xử lý dứt điểm các trường hợp tồn đọng này.

Giải đáp kiến nghị này, ông Nguyễn Văn Trường, Phó Trưởng Thuế TP. Cần Thơ nhận định dưới góc độ quản lý thuế, thủ tục này tương đối đơn giản. Để chấm dứt hiệu lực mã số thuế của một liên doanh đã giải thể, cơ quan thuế sẽ sớm triển khai đoàn kiểm tra quyết toán nhằm đảm bảo pháp nhân cũ hoàn tất mọi nghĩa vụ. Việc này giúp các đơn vị mới có thể hoạt động độc lập mà không bị dính dáng đến pháp nhân trước đây.

"Thời gian tới, Phòng Nghiệp vụ và Phòng Quản lý doanh nghiệp sẽ chủ động phối hợp với Sở Tài chính để tiếp cận nguồn dữ liệu do công ty cung cấp, từ đó xác định chính xác trường hợp cụ thể để tiến hành xử lý nhanh chóng, gọn gàng nhất, giúp doanh nghiệp hoàn toàn an tâm kinh doanh", ông Trường khẳng định.

Lúa gạo và thủy sản là hai ngành hàng xuất khẩu chủ lực, đóng vai trò quan trọng trong phát triển kinh tế, giải quyết việc làm và đóng góp lớn cho ngân sách nhà nước tại Cần Thơ và khu vực Đồng bằng sông Cửu Long. Hiện Thuế TP. Cần Thơ đang quản lý 216 doanh nghiệp thuộc lĩnh vực này. Tổng thu ngân sách từ nhóm doanh nghiệp này năm 2025 đạt gần 325 tỷ đồng (chiếm 1,26% tổng thu). Đáng chú ý, chỉ trong 5 tháng đầu năm 2026, số thu đã đạt hơn 270 tỷ đồng (chiếm 2,06% tổng thu), tăng mạnh 168% so với cùng kỳ năm 2025 (tương đương tăng khoảng 110 tỷ đồng).

Để đạt được kết quả trên, cơ quan thuế đã triển khai đồng bộ nhiều giải pháp thiết thực từ tăng cường tuyên truyền, đa dạng hóa kênh hỗ trợ (trực tuyến, điện thoại, email) đến đẩy mạnh chuyển đổi số và cải cách thủ tục hành chính. Việc triển khai dịch vụ thuế điện tử và giải quyết hồ sơ hoàn thuế VAT xuất khẩu đúng hạn đã góp phần giảm áp lực dòng tiền, tạo động lực quan trọng để doanh nghiệp phục hồi và mở rộng sản xuất kinh doanh.

Tối ưu hóa quy trình hải quan và chính sách cho ngành hàng chủ lực

Cũng tại hội nghị, các đơn vị liên quan đã cập nhật nhiều quy định mới nhất về thuế và hải quan dành riêng cho nhóm ngành lúa gạo, thủy sản. Ông Lê Mạnh Hùng, Phó Đội trưởng Hải quan Tây Đô, đã đưa ra những khuyến nghị cốt lõi giúp doanh nghiệp tăng tốc thông quan và tối ưu chi phí logistics.

Về quy trình khai báo hải quan đối với mặt hàng thủy sản, hiện đang áp dụng theo Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC và Thông tư 121/2025/TT-BTC). Doanh nghiệp bắt buộc phải tự xác định tên hàng và mã số theo Danh mục tại Thông tư số 31/2022/TT-BTC để hệ thống điện tử phân luồng chính xác. Tốc độ thông quan phụ thuộc hoàn toàn vào kết quả phân luồng tự động: Luồng Xanh được thông quan ngay sau khi hoàn thành nghĩa vụ thuế; Luồng Vàng được kiểm tra hồ sơ trong vòng 2 giờ; và Luồng Đỏ bắt buộc kiểm tra thực tế hàng hóa với thời gian xử lý tối đa 8 giờ.

Về chính sách thuế ưu đãi, ông Lê Mạnh Hùng gợi ý, doanh nghiệp có thể tra cứu tại Nghị định số 26/2023/NĐ-CP. Đại diện Hải quan Tây Đô đặc biệt lưu ý doanh nghiệp cần chủ động nộp chứng nhận xuất xứ (C/O) phù hợp để tận dụng ưu đãi thuế suất đặc biệt từ 17 Hiệp định thương mại tự do (FTA) mà Việt Nam đã ký kết. Đối với thuế VAT khâu nhập khẩu, doanh nghiệp cần đối chiếu cụ thể theo Nghị định số 181/2025/NĐ-CP tùy theo từng loại hình.

Để tránh phát sinh chi phí lưu kho bãi do bị động về giấy phép, doanh nghiệp phải chủ động hoàn thiện các chứng nhận chuyên ngành trước khi hàng về đến cửa khẩu. Đối với hàng nhập khẩu, cần đối chiếu Danh mục tại Thông tư số 85/2025/TT-BNNMT để xin giấy phép CITES trước khi đăng ký tờ khai. Hàng chỉ được thông quan khi có Giấy chứng nhận kiểm dịch (Thông tư số 03/2026/TT-BNNMT) và tuân thủ kiểm tra an toàn thực phẩm (Nghị định số 15/2018/NĐ-CP). Đối với hàng xuất khẩu, doanh nghiệp phải kiểm tra diện quản lý CITES tương tự và lưu ý quy định về thẩm định, chứng nhận an toàn thực phẩm thủy sản theo Thông tư số 80/2025/TT-BNNMT.

Nhằm giảm tải thủ tục, doanh nghiệp nên nghiên cứu kỹ các trường hợp được miễn kiểm dịch và miễn kiểm tra an toàn thực phẩm được quy định sẵn. Về nghĩa vụ tài chính, phí hải quan hiện áp dụng theo Thông tư số 86/2025/TT-BTC (20.000 đồng/tờ khai). Cơ quan hải quan cũng cho phép áp dụng hình thức nộp gộp theo tháng trước ngày mùng 10 của tháng kế tiếp để hỗ trợ dòng tiền cho doanh nghiệp có tần suất mở tờ khai lớn.

Ông Lê Mạnh Hùng khẳng định, việc chấp hành nghiêm chỉnh pháp luật không chỉ giúp hàng hóa lưu thông thông suốt mà còn nâng cao điểm đánh giá tính tuân thủ của doanh nghiệp.

Liên quan đến ngành lúa gạo, ông Phạm Hùng Tươi (Hải quan cửa khẩu Cần Thơ) lưu ý điều kiện tiên quyết khi xuất khẩu là doanh nghiệp phải được Bộ Công Thương cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện. Nhờ những điểm mới của Nghị định 01/2025/NĐ-CP, quy định về cơ sở vật chất (kho chứa, nhà máy) đã thông thoáng hơn khi chỉ cần đáp ứng Tiêu chuẩn kỹ thuật quốc gia thay vì các tiêu chí cứng về diện tích hay công suất. Hồ sơ hải quan cũng rất đơn giản và đa phần được phân vào Luồng Vàng.

“Tuy nhiên, doanh nghiệp bắt buộc phải thực hiện báo cáo định kỳ hàng tháng về Bộ Công Thương, nếu vi phạm sẽ bị thu hồi giấy phép. Ở chiều ngược lại, hoạt động nhập khẩu thóc, lúa, gạo theo Nghị định 69/2018/NĐ-CP hoàn toàn không cần xin giấy phép, nhưng bắt buộc phải kiểm dịch thực vật đạt chất lượng trước khi thông quan vào nội địa”, ông Tươi lưu ý.