Nhiều vướng mắc trong khâu kê khai, truy thu và hoàn thuế giá trị gia tăng

Tại hội nghị đối thoại về chính sách, thủ tục hành chính thuế và hải quan năm 2016 giữa Bộ Tài chính với doanh nghiệp tổ chức tại Tp. Hồ Chí Minh ngày 30/11, nhiều doanh nghiệp cho rằng vẫn còn nhiều bất cập, vướng mắc cần được tháo gỡ.

Các “nút thắt” dồn vào khâu kê khai, thu, truy thu, hoàn thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế xuất nhập khẩu, thủ tục hải quan… Công ty TNHH Cơ khí công nông nghiệp Bùi Văn Ngọ (Long An) dẫn chứng, theo quy định, các thiết bị, máy móc phục vụ sản xuất nông nghiệp thuộc đối tượng không phải chịu thuế giá trị gia tăng.

Tuy nhiên, quy định này chỉ áp dụng đối với những sản phẩm có tên trong danh mục mà Bộ Tài chính quy định. Trong khi đó, trên thực tế, số máy móc, thiết bị phục vụ sản xuất nông nghiệp lên đến hơn 40.000 loại.

Hiện nay Công ty này có rất nhiều máy móc, linh kiện được sản xuất ra với mục đích phục vụ sản xuất nông nghiệp nhưng chưa có tên trong danh mục của Bộ Tài chính nên vẫn phải chịu thuế giá trị gia tăng. Mặt khác, tên gọi của một số linh kiện, thiết bị trong danh mục cũng không thống nhất với tên thực tế của thiết bị. Những bất cập trên gây khó khăn cho doanh nghiệp trong việc kê khai thuế khiến họ không được hưởng các chính sách ưu đãi thuế chính đáng.

Với thắc mắc này, ông Cao Anh Tuấn, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế cho rằng, việc xác định các thiết bị, máy móc phục vụ sản xuất nông nghiệp cần sự tham gia của cơ quan chuyên môn. Do đó, đối với những thiết bị, máy móc phục vụ sản xuất nông nghiệp nhưng chưa có tên trong danh mục của Bộ Tài chính thì doanh nghiệp cần đề nghị Sở Nông nghiệp địa phương xác nhận để được hưởng ưu đãi thuế giá trị gia tăng.

Trong quá trình sản xuất, kinh doanh, doanh nghiệp cần kịp thời đề xuất với cơ quan chức năng để có biện pháp xác định, cập nhật thường xuyên danh mục thiết bị, máy móc phục vụ sản xuất nông nghiệp mà Bộ Tài chính ban hành chưa theo kịp thực tế" - ông Tuấn khuyến cáo.

Một số doanh nghiệp lại cho rằng nhập khẩu nguyên liệu để sản xuất sản phẩm xuất khẩu dù không bị tính thuế giá trị gia tăng nhưng lại bị đánh thuế tự vệ, như vậy không hợp lý.

Tuy nhiên, ông Cao Anh Tuấn khẳng định, về nguyên tắc, các doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu để sản xuất sản phẩm xuất khẩu không bị tính thuế giá trị gia tăng và cũng không bị đánh thuế tự vệ. Trong trường hợp nghi ngờ doanh nghiệp có hành vi bán phá giá thì sẽ áp dụng thuế sau khi có kết luận điều tra của cơ quan chức năng, nhằm tạo sự công bằng giữa các doanh nghiệp.

Liên quan đến vấn đề kê khai thuế đối với doanh nghiệp, đại diện Công ty đường Quảng Ngãi chia sẻ, Công ty có nhiều nhà máy sản xuất, đặt ở nhiều địa phương khác nhau nên gặp khó khăn khi kê khai thuế của từng nhà máy và của cả công ty.

Tuy nhiên, khi gửi các công văn đề nghị hỗ trợ thì Tổng cục Thuế và Cục Thuế từng địa phương lại có hướng dẫn khác nhau. Điều này khiến doanh nghiệp lúng túng, không biết làm thế nào cho đúng. Công ty đề nghị Tổng cục Thuế có sự chỉ đạo thống nhất về các thủ tục kê khai thuế theo ngành dọc ở tất cả địa phương.

Ghi nhận ý kiến này, bà Vũ Thị Mai, Thứ trưởng Bộ Tài chính cho biết sẽ giao Tổng cục Thuế và Cục Thuế các tỉnh kịp thời rà soát, thống nhất hướng dẫn thủ tục kê khai thuế đối với doanh nghiệp có nhiều cơ sở sản xuất ở nhiều địa phương khác nhau.

Bên cạnh đó, nhiều doanh nghiệp đề xuất về trường hợp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) bị lỗi hành chính không quan trọng từ phía nhà xuất khẩu mà không gây hiểu nhầm về xuất xứ hàng hóa thì cơ quan hải quan nên xem xét giải quyết.

Giải đáp các thắc mắc của doanh nghiệp, ông Vũ Ngọc Anh, Phó Tổng cục trưởng, Tổng cục Hải quan cho rằng, trên lý thuyết, thông tin ghi trên C/O cần chính xác, không gây khó khăn, nhầm lẫn cho cơ quan hải quan trong việc xác định nguồn gốc xuất xứ hàng hóa. Tuy nhiên, trong trường hợp các doanh nghiệp vô tình phạm lỗi hành chính không quan trọng thì cần kịp thời phản ánh để cơ quan chức năng linh động xử lý.

Tại hội nghị, đại diện các doanh nghiệp thép tại Tp. Hồ Chí Minh cũng kiến nghị Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế nên xem xét điều chỉnh về thủ tục và thời gian hoàn thuế đối với các doanh nghiệp xuất khẩu.

Bà Vũ Thị Mai cũng thừa nhận, cải cách hành chính thủ tục thuế, hải quan thời gian qua đã đạt được một số kết quả tích cực, tuy nhiên vẫn còn rất nhiều bất cập, vướng mắc cần tháo gỡ ngay. Do đó, các doanh nghiệp cần tiếp tục phản ánh và đề xuất các giải pháp để cơ quan chức năng có cơ sở điều chỉnh, hoàn thiện chính sách thuế, nhằm tạo điều kiện thuận lợi nhất cho doanh nghiệp phát triển kinh doanh.

Từ đầu năm 2016 đến nay, Tổng cục Thuế đã cắt giảm được 85 thủ tục hành chính liên quan, từ 385 thủ tục giảm xuống còn 300 thủ tục; đồng thời, sửa đổi bổ sung 51 quy trình liên quan đến thủ tục thuế.

Riêng lĩnh vực hải quan, tính đến giữa tháng 11/2016, tổng số hồ sơ hành chính được xử lý thông qua cổng thông tin một cửa quốc gia đạt gần 205.000 hồ sơ; công tác thu thuế xuất nhập khẩu bằng phương thức điện tử thông qua các ngân hàng đạt gần 146.000 tỷ đồng, chiếm hơn 90% tổng thu ngân sách của ngành hải quan./.